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신세계는 2006년 9월 월마트를 인수한 뒤 법인 사명을 신세계마트로 변경하고 2008년 12월 흡수합병했다. 당시 이 합병은 개정 전 법인세법에 따른 적격합병에 해당, 유형고정자산의 합병평가차익 약 2596억원에 대한 과세를 이연했다.
이후 신세계는 2011년 5월 인적분할 방식으로 이마트(139480)를 신설했고, 이마트는 월마트 인수 관련 충당금 등 약 2560억원을 신세계로부터 승계받았다.
서울지방국세청은 2015년 5~11월 이마트에 대한 법인제세 통합 조사를 했고, ‘분할로 인해 합병에 따른 과세이연이 종료됐고, 이마트가 충당금 잔액을 승계받는 방법으로 과세이연을 할 수 없음에도 충당금 잔액을 승계받은 것은 부당하다’고 중부세무서에 통보했다.
신세계는 측은 “신세계와 이마트의 분할이 과세이연이 종료되는 ‘사업의 폐지’ 또는 ‘자산의 처분’에 해당하지 않는다”며 불복 소송 제기했다. 특히 법인세 853억원 부과 처분 가운데 1억7000만원을 초과하는 부분은 취소해야 한다고 주장했다.
1심에서는 과세당국의 법인세 부과처분이 적법하다며 신세계 측 주장을 받아들이지 않았다.
이어 “적격합병 이후 적격분할이 이뤄진 경우를 ‘사업의 폐지’로 보지 않는다는 명시적 규정이 없는 이상 이마트 분할을 ‘사업의 폐지’에서 제외하는 것으로 해석하기 어렵다”고 설명했다.
2심 재판부도 “개정 전 법인세법령에서 적격분할 후 합병이 된 경우와 달리 적격합병 이후 분할이 이뤄진 경우 ‘사업의 폐지’로 보지 않는다는 명시적인 규정을 두고 있지 않은 이상, 법인세법 개정과 상관없이 그대로 과세이연 종료사유에 해당한다고 봐야 한다”며 “신세계 측의 주장은 받아들일 수 없다”고 항소를 기각했다.
대법원도 “원심 판단에 이 사건 처분의 적법 여부 판단에 적용될 법령 등 법리오해의 잘못이 없다”며 원심을 확정했다.